Pada musim pertama Ejen Ali, semuanya dimulai dengan seorang bocah bernama Ali, yang secara tidak sengaja mengaktifkan I.R.I.S. dan direkrut sebagai agen M.A.T.A..
Daftar episode[]
| No. dalam seri | No. dalam musim | Judul | Tanggal penayangan (TV3) |
Tanggal penayangan (Disney Channel Asia) |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | "MISI: IRIS" | 8 April 2016 | 15 Desember 2017 |
| 2 | 2 | "MISI: ALPHA" | 15 April 2016 | 22 Desember 2017 |
| 3 | 3 | "MISI: SERI" | 22 April 2016 | 29 Desember 2017 |
| 4 | 4 | "MISI: COMOT" | 22 Juli 2016 | 5 Januari 2018 |
| 5 | 5 | "MISI: BLUEPRINT" | 29 Juli 2016 | 12 Januari 2018 |
| 6 | 6 | "MISI: BANGKIT" | 5 Agustus 2016 | 19 Januari 2018 |
| 7 | 7 | "MISI: PROTOKOL GEGAS" | 28 Oktober 2016 | 2 Februari 2018 |
| 8 | 8 | "MISI: PRESTASI" | 4 November 2016 | 2 Februari 2018 |
| 9 | 9 | "MISI: POTENSI" | 11 November 2016 | 9 Februari 2018 |
| 10 | 10 | "MISI: SENSASI" | 30 Desember 2016 | 23 Februari 2018 |
| 11 | 11 | "MISI: BUKTI" | 6 Januari 2017 | 25 Mei 2018 |
| 12 | 12 | "MISI: UNO" | 13 Januari 2017 | 1 Juni 2018 |
| 13 | 13 | "MISI: OVERRIDE" | 3 Maret 2017 | 8 Juni 2018 |
| Episode Ejen Ali | |
|---|---|
| Musim 1 | MISI: IRIS | MISI: ALPHA | MISI: SERI | MISI: COMOT | MISI: BLUEPRINT | MISI: BANGKIT | MISI: PROTOKOL GEGAS | MISI: PRESTASI | MISI: POTENSI | MISI: SENSASI | MISI: BUKTI | MISI: UNO | MISI: OVERRIDE |
| Musim 2 | MISI: AKADEMI | MISI: ORIENTASI | MISI: MAIN | MISI: ANALOG | MISI: CABAR | MISI: SUSU | MISI: KEMBALI | MISI: TUJUAN | MISI: PERANAN | MISI: ATLAS | MISI: HARAPAN | MISI: DIEZ | MISI: LEGASI |
| Musim 3 | MISI: ARENA | MISI: BISA | MISI: UPGRADE | MISI: BALAS | MISI: BLACKOUT | MISI: BURU | MISI: PATAH | MISI: UBAH | MISI: HIBRIDA | MISI: KEMAH | MISI: GUNCANG | MISI: MENYENGAT | MISI: JUARA |